Ослабление влияния и территориальные потери Шейбанидов

После смерти Шейбанихана Шах Исмаил продолжил победоносное шествие по Хорасану,один за другим занимая завоеванные Шейбанидами города и веси, а затем переправился через Амударью и вступил в Мавераннахр. Одновременно активизировал свои действия Бабур, обосновавшийся в Кабуле. Шейбаниды стали терпеть одно поражение за другим. В 1512 г. при поддержке иранского шаха Бабур овладел Самаркандом, изгнав оттуда Шейбанидов. Последние бежали в Туркестан, который был их опорной базой, где и стали готовиться к новой схватке с Бабуром. За военную помощь Бабур вынужден был пойти на идеологическую уступку Ирану: вместо суннитского богослужения в самаркандской мечети было введено шиитское, что вызвало резкое не довольство народа.

Это было тяжелейшее время для Шейбанидов, когда они фактически утеряли все завоевания в Мавераннахре. Воспользовавшись этой ситуацией, Касимхан отнял у них Талас и Сайрам, причем дошел до окрестностей Ташкента. В правление Касимхана Казахское ханство было достаточно сильным, но после его смерти в начале 20-х годов XVI в. началась междоусобная борьба за власть. Этим не преминули воспользоваться на западе ногаи и отняли у Казахов ряд кочевий. В связи с чем, новому казахскому хану для борьбы с Шейбанидами пришлось искать союза с правителями Моголистана, ногаями и своими мятежными вассалами.

Однако правитель Кашгарии Абдаррашидхан (1533 — 1560 ) заключил союз с Шейбанидами и нанес казахским хана, с которыми у него были свои счеты, столь сильное поражение, что они надолго утеряли политическую активность и могущество. К тому же их критическое положение усугублялось ударами со стороны ногаев.

Гибель Шейбанихана и успехи иранского шаха привели к расколу Шейбанидов на враждебные фракции из-за вопроса о престолонаследии. Главой династии по праву старшего представителя в низовьях Сырдарьи был избран наместник Туркестана Кучкунджи (1510—1530), а Суйунчук султан стал калгой, то есть наследником.

Уже в условиях отсутствия прежнего единства Шейбанидам пришлось завоевывать Самарканд заново. При этом они умело воспользовались идеологическими уступками Бабура в пользу шиизма и недовольством народа. После чего Бабур навсегда покинул Мавераннахр, а Кучкунджихан перебрался в Самарканд. При нем Шейбаниды предприняли несколько походов против Ирана, чтобы отомстить за гибель Шейбанихана, но все они кончались поражением Шейбанидов.